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菌丝培养：接种后2-3天，菌丝开始萌发，40-50天菌丝可长满袋子。每隔10天左右，将栽培袋上成W位置对换，使发菌一致。这个阶段的管理是做好以下三方面的工作：
1、严控温度：整个发菌阶段，温度须控制在22℃左右，前期栽培袋不能堆放过高，一般3袋一层；后期气温到20℃以下时，栽培袋堆放应高一些，最好设架子堆放。
2、适当氧气：金针菇发菌阶段，适当通风还是必要的，尤其在室温高于22℃以上时，更应加强通风换气。
3、严格检查：接种后3-4天就应开始检查，若发现链孢霉污染，应立即用纸包袋，取出室外远离菇房的地方深埋或烧毁。
若发现毛霉、根霉可不作处理。若有绿霉、黄曲霉等杂菌发生，应取出。培养室在堆放塑料袋种前，除严格消毒外，还应做好灭鼠工作。
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