湖南大学研究发现重组导致非洲猪瘟病毒基因组多样性


看新闻太累,试试语音听新闻
非洲猪瘟病毒严重影响了我国的生猪养殖业,目前仍然缺少有效的疫苗和药物来防治该病毒,其中很重要的原因在于对该病毒的变异机制缺乏了解。非洲猪瘟病毒属于双链DNA病毒,基因组大小分布在170kb~200kb之间,变化较大。为了阐述该病毒的基因组变异机制,2019年8月10日来自湖南大学生物信息学与病原学研究团队在国际兽医学权威期刊《Veterinary Microbiology》发表题为“Homologous Recombination Shapes the Genetic Diversity of African Swine Fever Viruses”的文章。
 

 
在本研究中,研究团队通过生物信息学方法分析了数据库中已有的39个非洲猪瘟病毒基因组,发现该病毒中基因组片段的插入和缺失(Indel)对于基因组多样性的贡献远大于点突变。分析Indel的位置发现30%的Indel分布在编码区,其中70%的基因组Indel可能造成氨基酸的插入和缺失。

为了研究Indel的产生机制,在部分排除了复制滑动和转座等因素之后,发现在非洲猪瘟病毒基因组中大量发生的重组事件与基因组Indel的发生存在明显的关联,因此基因组重组很可能导致了基因组片段Indel(特别是大的Indel)的发生。

大部分重组事件都是基因型特异的,而且发生在基因组的两端。最后,研究团队发现非洲猪瘟病毒基因组中存在大量33~49 bp的重复序列,它们以成簇的形式出现,而且在重组区域的重复元件明显大于非重组区域,表明重复元件有利于基因组重组的发生。

综上,非洲猪瘟病毒基因组中存在的大量重复元件有利于基因组重组的发生,重组进一步导致了病毒基因组的多样性以及病毒表型(如抗原/致病性等)的多样性,极大增加了防控该病毒的难度。

本工作的完成不仅有利于增强对于非洲猪瘟病毒进化机制的理解,而且也为该病毒的防控提供了一定的科学依据。相关结果于2019年8月10日在线发表于国际兽医学权威期刊《Veterinary Microbiology》,论文原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0378113519304183?via%3Dihub。
 

 
本工作是在湖南大学生物学院院长谭拥军教授的倡议下进行,同时也受到中国医学科学院蒋太交教授的大力支持与指导。论文第一作者为湖南大学生物学院博士研究生朱兆中与肖朝庭副教授,通讯作者为湖南大学生物学院生物信息中心的彭友松副教授。本工作受到国家重点研发计划(2016YFD0500300,2017YFD0500104),国家自然科学基金(31671371)和湖南省自然科学基金(2018JJ3039)等等基金的支持。

原文链接:
1. Zhaozhong Zhu, Chao-Ting Xiao, Yunshi Fan, Zena Cai, Congyu Lu, Gaihua Zhang, Taijiao Jiang, Yongjun Tan, Yousong Peng. Homologous Recombination Shapes the Genetic Diversity of African Swine Fever Viruses,Veterinary Microbiology,2019.

https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2019.08.003

信息来源:湖南大学生物学院生物信息学中心

农业技术  农业论文  农业新闻    点击添加QQ交流群:120510388    打赏


猜你喜欢

非洲菊怎么水培

非洲菊怎么水培一、水培方法非洲菊水培是很简单的,不用进行特殊的处理,只要将它清洗干净后,插进花瓶中就行了。注意,植株的叶子不能被浸泡在水中,很容易腐烂。发现瓶中的水变少后,就应

2024-01-03

山西芦芽山生物多样性固定样地调查与监测

为监测辖区野生植物的生物多样性,2022年7月,山西省芦芽山自然保护区开展了第三次固定样地调查监测。截至目前,共调查了50块固定样地。这项工作从2011年开始实施,调查周期为5

2022-11-07

农业农村部兽药审评中心不再优先审评非洲猪瘟诊断产品

前期,为适应非洲猪瘟防控工作的需要,农业农村部兽药审评中心对非洲猪瘟诊断产品采取优先审评方式。截至目前,农业农村部已批准非洲猪瘟诊断产品15个,涵盖核酸、抗原、抗体检测,能够满

2022-11-06

山东省农科院农业种质资源研究所创新团队参与豌豆高质量参考基因组和泛基因组构建

9月22日,由中国农业科学院作物科学研究所牵头,联合我院农作物种质资源研究所等单位,在国际顶级学术期刊《自然遗传学》(IF=41.3)发表研究论文《改良豌豆参考基因组泛基因组凸

2022-11-05

广西新增7个国家级非洲猪瘟无疫区累计总数居全国第三

9月30日,农业农村部公布了第三批“全国非洲猪瘟无疫区社区”。广西海河种猪有限公司、桂林石闻牧业有限公司、广西灵山百源牧业有限公司、广西大北农牧食品有限公司、宾阳牧原农牧有限公

2022-11-01