选用质量合格的微生物肥料质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。应选择有可靠技术背景和技术来源、质量性能稳定的菌肥。
创造适宜的土壤环境土壤过分干燥，应及时浇灌。大雨后要及时排除田间积水，改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。
量体裁衣选择菌肥有些菌肥只含有根瘤菌，那就只能在豆科作物上应用。有的菌肥只含钾细菌(硅酸盐菌肥)，对缺钾土壤和作物效果较好，但对氮、磷贡献就太小了，所以选择菌肥时要因种而异。
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