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作物生长在土壤中主要是靠根系来吸收营养物质，而不同作物根系发育程度不同，也即根系生长的深浅不一样，即使是同一种作物，在不同的生育期，根系在土层中分布的深度也不相同。
合理施肥就应该把肥料大部分施在根系较密集的层次，施在根系活力最强的部位，这样才有利于作物对养分的吸收。小麦、水稻等粮食作物的根系主要分布在0-20厘米土层内，而柑橘、苹果等果树的根系主要分布在40厘米左右。
因此，同样肥料对不同作物应施在不同深度。作物早期根系发育慢，多分布在表层，这时施用种肥就应浅些；而当作物生长到中期，根系下扎，土壤养分不足时应追肥，追肥深度就应考虑作物根系分布深度，采取沟施或穴施的办法，使施肥深度尽量与根系分布相适应。为满足作物整个生育期对养分的需求，应该于种植作物前在根系分布的主要层次（如小麦、水稻在0-20厘米处）施足基肥，以满足作物不同发育阶段对肥料的需求。
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